L’égyptologie fit officiellement son entrée à l’université de Montpellier en 1969, avec la création d’une chaire d’enseignement occupée d’abord par François Daumas (1915-1984). De cette première initiative est né le Centre d’égyptologie hébergé aujourd’hui par l’Université Paul-Valéry, dans le Bâtiment Recherche et Études Doctorales (BRED).
Cette structure est d’abord un lieu d’enseignement de la discipline, qui permet d’effectuer un cursus complet, avec une chaire (ont succédé à François Daumas Gérard Godron, puis Jean-Claude Grenier) et trois maîtres de conférences (actuellement Marc Gabolde, Bernard Mathieu et Frédéric Servajean), assistés de chargés de cours.

C’est également un centre de recherche où travaillent, en collaboration étroite avec les enseignants-chercheurs, des chercheurs et ingénieurs du CNRS : Luc Gabolde, Annie Gasse, Dimitri Meeks, Christophe Thiers, Pierre Zignani. Ce qui fut naguère l’UMR 5052 (« Religions et Société de l’Égypte tardive ») sera rattaché au 1er janvier 2007 au laboratoire « Archéologie des sociétés méditerranéennes : milieux, territoires, civilisations » (UMR 5140).
Le Centre d’égyptologie de Montpellier est enfin un centre de documentation, doté de la première bibliothèque universitaire spécialisée de France (plus de 30 000 volumes), gérée actuellement par Marguerite Morfin, ingénieur d'études, et d’une collection propre, la série Orientalia Monspeliensa, dont 16 volumes sont parus à ce jour.
Engagé sur différentes opérations archéologiques en Égypte, le Centre François Daumas, grâce aux axes de spécialisation de chacun de ses membres, assure ainsi des formations universitaires et développe des programmes de recherche dans plusieurs champs majeurs de l’égyptologie : textes funéraires (Textes des Pyramides, Textes des Sarcophages, Livre des Morts), textes littéraires, temples de Karnak, période amarnienne, architecture monumentale, histoire de l’Égypte ptolémaïque et romaine, paléographie hiéroglyphique et lexicographie.